Społeczność akademicka Uniwersytetu Jagiellońskiego każdego roku wspomina w dniu 6 listopada rocznicę Sonderaktion Krakau – podstępnej akcji gestapo z 1939 roku, w wyniku której 183 krakowskich profesorów i innych nauczycieli akademickich, w tym 155 pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego, zostało aresztowanych, a następnie wywiezionych do obozów koncentracyjnych w Sachsenhausen i Dachau, gdzie kilkunastu z nich straciło życie.

Dzień ten rozpoczyna się spotkaniem przy bramie cmentarza Rakowickiego władz rektorskich oraz przedstawicieli i studentów wszystkich szkół wyższych Krakowa, w trakcie którego najpierw ma miejsce krótkie przypomnienie okolicznościowe, a następnie – według własnych planów uczelni – składanie kwiatów i zapalanie zniczy na mogiłach ludzi szczególnie zasłużonych dla nauki polskiej. W ostatnich latach w przebieg tych uroczystości włączane są odsłonięcia grobów zmarłych profesorów UJ, które zostały odnowione dzięki staraniom Komitetu ds. Opieki nad Grobami Profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Następnie w auli Collegium Novum UJ odczytywany jest apel poległych: nazwiska wszystkich aresztowanych w dniu 6 listopada 1939 roku. Zebrani wysłuchują także zagajenia Rektora UJ oraz okolicznościowych wystąpień. Kolejnym punktem jest składanie wieńców pod tablicami upamiętniającymi te dramatyczne wydarzenia. Dzień ten kończy msza żałobna odprawiana w kolegiacie św. Anny w intencji wszystkich zmarłych profesorów uczelni krakowskich, ich pracowników i studentów.

W 2015 roku po raz pierwszy Uniwersytecki Dzień Pamięci obchodzony był wspólnie z innymi krakowskimi uczelniami, zatem tę tragiczną rocznicę obchodzimy odtąd jako Akademicki Dzień Pamięci.